1 июня 2000 г. летчик-космонавт РФ Ю.Батурин был назначен на должность заместителя командира отряда космонавтов РГНИИ ЦПК по научно-исследовательской и испытательной работе. Такая должность в отряде предусмотрена штатным расписанием РГНИИ ЦПК, но оставалась вакантной. Это первый случай назначения гражданского лица на административную должность в военном отряде космонавтов, каковым является отряд ЦПК. Именно поэтому для согласования кандидатуры Ю.Батурина в Министерстве обороны и в Росавиакосмосе понадобилось более полугода.

   20 июня 2000 г. в РГНИИ ЦПК им. Ю.А.Гагарина летчик-космонавт РФ, полковник Т.Мусабаев успешно защитил диссертацию на соискание ученой степени «Кандидат технических наук». Тема его диссертации «Оценка надежности и эффективности системы “Экипаж–Пилотируемый космический аппарат–Центр управления полетом”».

   4 июля 2000 г. приказом министра обороны РФ летчик-космонавт СССР, полковник Г.Манаков уволен в запас. После ухода в декабре 1996 г. из отряда космонавтов Г.Манаков с ноября 1997 г. служил в РГНИИ ЦПК в должности начальника 2-го управления. Приказом МО РФ от 16 июля 2000 г. начальником 2-го управления РГНИИ ЦПК назначен полковник Наумов Борис Александрович, который до этого был заместителем Г.Манакова.

   18 июля 2000 г. в РГНИИ ЦПК им. Ю.А.Гагарина состоялось заседание Главной медицинской комиссии (ГМК), на котором были рассмотрены результаты клинико-физиологического обследования семерых российских космонавтов.
   Решением ГМК члены двух экипажей МКС-1R (Г.Падалка, Н.Бударин и В.Корзун, С.Трещев) были допущены к выполнению космического полета, а Т.Мусабаев, Ю.Батурин и В.Афанасьев получили допуск на спецподготовку в составе экипажей.
   Т.Мусабаев и Ю.Батурин с 12 июня 2000 г. уже готовятся в качестве второго экипажа ЭО-29 на ОК «Мир», а В.Афанасьев приступил к подготовке по программе «МКС-Т» 20 июля 2000 г.
   После успешной стыковки СМ «Звезда» с МКС 26 июля 2000 г. необходимость полета экипажа спасателей отпала, и все четверо космонавтов отправились на отдых. В сентябре В.Корзун и С.Трещев должны приступить к подготовке по программе «МКС-3», -5 (в качестве дублеров 3-й экспедиции на МКС и членов основного экипажа 5-й экспедиции). А вот экипаж Г.Падалка–Н.Бударин будет расформирован.

   В конце июля 2000 г. совместным решением РГНИИ ЦПК и РКК «Энергия» произведена замена бортинженера второго экипажа «МКС-Т» С.Ревина на К.Козеева. Изменение состава экипажа было принято по предложению РКК «Энергия». 4 сентября К.Козеев приступил к экипажной подготовке вместе с командиром В.Токаревым.

   В связи с тем, что реализация эксперимента «Трос» (см. НК №2, 2000, с.51) на борту ОК «Мир» откладывается как минимум на середину 2001 г., руководство компании MirCorp рассматривает возможность поменять местами экипажи, которые сейчас готовятся к полету на «Мир». В этом случае, в качестве 29-й экспедиции 30 января 2001 г. на станцию отправятся Т.Мусабаев и Ю.Батурин (нынешний второй экипаж ЭО-29), а С.Шарипов и П.Виноградов (нынешний первый экипаж ЭО-29) стартует к «Миру» в середине 2001 г. как ЭО-30. 
   Такая замена объясняется тем, что С.Шарипов и П.Виноградов уже давно готовятся к выполнению тросового эксперимента, и поэтому, с точки зрения руководителей компании MirCorp, целесообразнее, чтобы именно они провели этот эксперимент. Кроме того, для «Троса» требуется выполнить как минимум четыре выхода в открытый космос, и с такой работой более молодой экипаж справится успешнее.
   Рассматривается и другой вариант: экипаж Мусабаев–Батурин будет проводить эксперимент «Трос», тогда очередность в полетах нарушать не придется. Окончательное решение будет принято, скорее всего, в конце 2000 г., когда подготовка к очередному полету на «Мир» будет близка к завершению. Если же перестановка экипажей состоится, то С.Шарипову, совершившему только один короткий космический полет на борту шаттла, придется быть дублером третий раз подряд.